恐らく、物流部門の労働環境や報酬体系が、他部門と大きく違ってきたのでしょう。
そうです。子会社化する理由は、労務管理や人事の問題が主因となるケースが多いのです。
アウトソーシングでなく、子会社化というのは何か意味があるのでしょうか?
物流を自社の強みにしておきたいということでしょうか?
子会社化しようとする時点で、今後、物流に対する投資がシビアになることでしょう。ノウハウを高めるための投資が少なくなることを意味します。
再度、自社で行うのかアウトソーシングをするべきなのか、再検討したほうが良いと思います。